Po dwóch latach Armia Czerwona napadła na Polskę. Wcześniej Maria wstąpiła w szeregi członków Polskiej Organizacji Wojskowej, by jako sanitariuszka Czerwonego Krzyża nieść pomoc rannym żołnierzom w warszawskich szpitalach. Swoją służbę pełniła przez osiem miesięcy. Jej ofiarność i poświęcenie zostały zauważone i nagrodzone w 1932 roku Krzyżem Orderu „Polonia Restituta”. W międzyczasie, za sprawą swojej przyjaciółki, Marii Przybyłowicz, Marylka poznaje siostry zmartwychwstanki. 19 kwietnia 1922 roku, kieruje prośbę do ówczesnej przełożonej generalnej, matki Antoniny Sołtan, prośbę o przyjęcie do Zgromadzenia, pisząc między innymi takie słowa: „Pragnę żyć i umierać dla Chrystusa, miłując Go nad wszystko, gdyż jest Miłością Najwyższą, Panem, Bogiem i Wszystkim moim”. Jeszcze tego samego roku, 29 lipca, Maria Kotowska przekroczyła próg klasztoru w Kętach i otrzymała imię zakonne Alicja. 1 lutego 1923 roku rozpoczęła roczny nowicjat kanoniczny, który skończyła złożeniem pierwszej profesji zakonnej. Siostra Alicja zostaje skierowana do wspólnoty sióstr w Warszawie, gdzie kontynuuje studia, zmieniając kierunek na matematyczno – przyrodniczy. W 1932 roku obroniła pracę magisterską z chemii, po czym podjęła pracę nauczycielki w Seminarium Nauczycielskim w Sewerynowie, a po otwarciu gimnazjum na Żoliborzu. Uczyła chemii pełniąc jednocześnie obowiązki pielęgniarki. Dwa lata później zdała egzamin komisyjny i została dyplomowanym nauczycielem szkół średnich. W tym to czasie wypowiada znamienne słowa: „Nie zaznałam jeszcze szczęścia cierpienia dla Boga. Pan Jezus widzi, że jest jeszcze bardzo słaba, że kocham cierpienie, ale z daleka, że na same przeczucie już się moja natura wzdryga, więc czeka. Ale przecież tak długo być nie może”. W innym miejscu: „… jedna jest tylko rzecz warta życia: cierpienie z miłości do Boga. Ja wiem, że samo to pragnienie jest łaską, wiem, że sama strasznie się boje cierpienia i że za wszelką cenę chce go uniknąć. Ale wierzę w moc łaski Pana Jezusa, wierzę, że On sam nam wysłużył moc potrzebną, wierzę że chce tego ode mnie…”.
Profesje wieczystą złożyła w sierpniu 1928 roku. Decyzją władz zakonnych s. Alicja miała objąć obowiązki dyrektora szkół w Warszawie. Jednak tamtejsze kuratorium nie wyraziło na to zgody, sugerując młody wiek i zbyt małe doświadczenie kandydatki. W międzyczasie jedna z sióstr, Emmanuela Romanówna, pojechała na Pomorze w poszukiwaniu miejsca na kolonie dla ubogiej młodzieży. Za namową znajomego Kapłana znalazła się w Wejherowie, goszcząc u Jana Pniewskiego, dyrektora Państwowego Seminarium Nauczycielskiego. Okazało się, że z kilku powodów władze Wejherowa zamierzały zlikwidować zarządzaną przez niego placówkę, chyba, że znajdzie się ktoś to zechce ją przejąć. Aby uzyskać jakieś szczegóły zaistniałej sytuacji, Siostra Emmanuela spotkała się z burmistrzem Teodorem Bolduanem. W rezultacie Rada Miasta Wejherowa na zebraniu w dniu 24 marca 1934 roku postanowiła placówkę oświatową mieszczącą się przy ulicy Klasztornej 9, oddać Zgromadzeniu Sióstr Zmartwychwstania Pańskiego. Na przełożoną wspólnoty (liczącej siedem sióstr) i dyrektora szkół wyznaczono s. Alicję Kotowską. Od września 1934 roku siostry zmartwychwstanki objęły rozległą pracę w następujących placówkach: Prywatnym Przedszkolu dla dzieci od 3 do 7 lat, Prywatnej Szkole Powszechnej, Prywatnym Żeńskim Gimnazjum Ogólnokształcącym i internacie dla dziewcząt pochodzących spoza Wejherowa. Od samego początku s. Alicja prowadziła też Sodalicję Mariańską i harcerstwo. Przyczyniła się także do intronizacji Serca Jezusowego we wspólnocie, w szkole i w internacie. Jeszcze tego samego roku, w grudniu, siostry przygotowały pomieszczenie na kaplicę i został do niej wprowadzony Najświętszy Sakrament. Moment ten w taki oto sposób opisuje s. Alicja, w liście do Matki Generalnej: „18 grudnia odbędzie się u nas uroczystość: wprowadzenie Pana Jezusa. Wykombinowałyśmy jeden niewielki pokój i napisałyśmy prośbę do kurii. Od tej chwili mamy to szczęście niewymowne i niezasłużone, że Pan Jezus mieszka z nami. Teraz dopiero czujemy, że jesteśmy u siebie, że to nasz dom zakonny, a nie jakieś miejsce postoju, jak na kweście”.
Obejmując placówkę wejherowską siostry postawiły sobie dwa cele: podnieść poziom nauczania i wychować młodzież w duchu patriotycznym i religijnym. Poziom zarówno Gimnazjum, jak i Szkoły Powszechnej uległ znacznej poprawie, co też zauważyli przedstawiciele kuratorium, po przeprowadzonej już w grudniu wizytacji. Skutkiem tego było uzyskanie po niespełna dwóch latach przez szkołę pełnych praw państwowych. Krajoznawcze wycieczki całej szkoły, które s. Alicja organizowała, uczyły młodzież miłości Ojczyzny, jej historii i kultury. Uczennice bywały na koncertach i w teatrze. Z radością i wzruszeniem wspominały pobyt w Zamku Warszawskim i spotkanie z prezydentem Ignacym Mościckim. S. Alicja organizowała też pielgrzymki do Swarzewa i do Wilna. W 1936 roku postarała się o przyznanie szczególnego patronatu Pani Swarzewskiej naszym wejherowskim placówkom oświatowych. Następną inicjatywą s. Alicji było wykonanie z kamienia figury Królowej Polskiego Morza i umieszczenie jej na froncie domu, gdzie znajduje się do dzisiaj. Będąc odpowiedzialną również za wspólnotę zakonną, s. Alicja otaczała należytą troską współsiostry, organizując również dla nich spacery po wejherowskich górkach czy też dalsze wyprawy. Kiedyś pojechały do Rumi, gdzie miały obiecany przelot, po dwie, niewielkim samolotem. Pilot przelatując na Wejherowem umożliwiał siostrom obserwowanie domu i ogrodu z niewielkiej wysokości. Zaproponował też przesłanie wiadomości do sióstr, które pozostały w domu. Siostra Alicja na niewielkiej kartce napisała pozdrowienia i w odpowiedni sposób informacja to została zrzucona do ogrodu sióstr. Kilkakrotnie przelatujący samolot wzbudził zainteresowanie i podejrzenia, wojska stacjonującego w Wejherowie, i w rezultacie korespondencję tę wydobyło z pola z ziemniakami i dostarczyło adresatkom, dwóch żołnierzy. Wraz z siostrami s. Alicja wzięła też udział w czerwcu 1939 roku w Kongresie Eucharystycznym, który odbył się w Gdyni.
Już w drugim roku nauczania siostra dyrektor stwierdziła, że budynek szkolny jest za mały, aby sprostać potrzebom lokalnego środowiska. Na początku 1938 roku budynek stał się własnością Zgromadzenia i zaczęto jego rozbudowę. W roku szkolnym 1939/40 gimnazjum miało zyskać dziesięć nowych sal. W lipcu 1939 roku Sługa Boży, ks. Prałat Edmund Roszczynialski dokonał poświęcenia nowego gmachu, choć nie był jeszcze zupełnie skończony. Coraz częściej mówiono o zagrożeniu wojną. Na 4 dni przed jej wybuchem, 26 sierpnia s. Alicja napisała w liście do Matki Generalnej: „Przeżywamy teraz ważne i decydujące chwile, rozstrzygające o wojnie lub pokoju dla Polski i całego świata. Ufamy Miłosierdziu Bożemu i oddajemy jego opiece losy narodu i wszystkich nas, a także całą ludzkość. Rozpoczęcie roku szkolnego nie nastąpi w normalnym czasie, ale jest odłożone na czas nieokreślony”. Siostry mówiły też miedzy sobą, że dom ma być zamieniony na szpital, a one będą służyć, gdy zajdzie taka potrzeba.
Podczas spaceru z jedną z sióstr s. Alicja podzieliła się swoim doświadczeniem: „Miałam dzisiaj dziwny sen, znalazłam się wobec cierpiącego Chrystusa. Zapytałam Go: „Panie, kiedy ja umrę?”. Pan odpowiedział: „Jak do tego domu zostanie dobudowany dom”. Dom już dobudowany, może więc właśnie teraz…?”. W dalszej części rozmowy s. Alicja powiedziała: „Czy to nie wszystko jedno, gdzie ciało będzie leżało? Chciałaby nawet, żeby nikt o mnie nie wiedział. Przecież chodzi o to, żeby móc się połączyć z Bogiem, a to jest wszędzie możliwe i we wszystkich okolicznościach. W Nim żyć, zatopić się jak kropla wody w oceanie Jego Miłosierdzia – to wielkie moje pragnienie”. Pragnienie to niebawem zostało spełnione…
Wejherowo położone blisko granicy szybko wpadło w ręce wroga. W mieście mieszkało też sporo obywateli niemieckiej narodowości. Słyszano jak Albert Forster, szef zarządu cywilnego, na wejherowskim rynku powiedział: „Rodacy, w wasze ręce oddaję Polaków”. Po tym wystąpieniu zaczęły się aresztowania i egzekucje. Przede wszystkim „zajęto się” inteligencją i duchowieństwem. Przewidując ze strony Niemców grabieże, czy też profanacje paramentów liturgicznych, s. Alicja poleciła woźnemu szkoły, Franciszkowi Pranga, aby zakopał w ogrodzie skrzynię z cenniejszymi przedmiotami kultu. Franciszek jednak okazał się szpiegiem i zdrajcą, który donosił na swego pracodawcę do gestapo. Wskazał Niemcom miejsce, gdzie zakopał skrzynię, a ci zagrozili s. Alicji aresztowaniem. Cześć domu zabrano na pomieszczenia dla wojska niemieckiego. 23 października odwiedziła siostrę Anna Szeibe, matka jednej z uczennic. Przyszła ostrzec siostrę przełożoną, błagając, aby uciekała, ponieważ widziała listę skazanych na śmierć i znajdowało się tam nazwisko s. Alicji. Wdzięczna za życzliwość, s. Alicja podziękowała za informację, jednak z rady nie skorzystała. Następnego dnia z rana odbyła długą Spowiedź u ks. Roszczynialskiego. Tego samego dnia, po południu ok. godz. 15 nastąpiło aresztowanie s. Alicji. Dowódca żołnierzy niemieckich, którzy stacjonowali w naszym domu, zapytał gestapowców: „co wam zawiniła ta mniszka?”. W odpowiedzi usłyszał: „Wystarczy, że jest Polką”. Siostry, które były gotowe pójść w zamian za swoją przełożoną, usłyszały, że „jest pod dobrą opieką”. Wychodząc s. Alicja wypowiedziała do sióstr swoje ostatnie słowa: „wszystko przebaczam Franciszkowi”. Był wtorek, 24 dzień października 1939 roku…
Alicja Kotowska, wraz z innymi więźniami została osadzona w wejherowskim więzieniu. Wszelkie zabiegi o jej uwolnienie (nawet starania przełożonej generalnej i Jana Kotowskiego u samego Hitlera) okazały się bezskuteczne. O pobycie przełożonej w tym miejscu siostry miały informacje od rodzin osób tam przebywających lub pracujących. Nie wyrażono zgody na to, aby którakolwiek z sióstr mogła spotkać się z s. Alicją na terenie więzienia. Z relacji świadków wiadomo, że w więzieniu się długo modliła i służyła współwięźniom cerując im zniszczoną odzież.
Święto odrodzonej Polski, 11 listopada 1939 roku wypadało w sobotę. Tego dnia, wraz ze sporą grupą innych więźniów, na placu podczas apelu pojawiła się s. Alicja. Widziano, jak podeszła do grupy żydowskich dzieci, i wraz z nimi, trzymając dwoje z nich za ręce, weszła do ciężarówki. Kolumna aut skierowała się w stronę szosy krokowskiej, do lasów piaśnickich…
W 1946 roku zaczęto w Piaśnicy dokonywać ekshumacji zwłok. Wiele rodzin rozpoznawało swoich bliskich. Zwłok s. Alicji nie odnaleziono. Część ciał Niemicy zdołali jeszcze odkopać i spalić. Kierownik grupy ekshumacyjnej zeznał, że w grobie nr 7 znaleziono fragment nadpalonego, dużego, czarnego różańca, takiego jaki nosimy przy pasku. To jedyny ślad, wskazujący na domniemane miejsce męczeńskiej śmierci naszej Błogosławionej. Chrystus Zmartwychwstały, któremu oddała swoje życie, spełnił wszystkie jej pragnienia: żyła dla Niego, umarła dla Niego, i nikt nie zna dokładnie miejsca jej śmierci.
13 czerwca 1999 roku, św. Jan Paweł II, podczas pielgrzymki do Polski, wyniósł Alicję Kotowską do grona Błogosławionych w gronie 108 Męczenników II wojny Światowej.
